Criada em 18 de fevereiro de 1979, desmembrada da Paróquia Sagrada Família de Barra de São João – RJ.
O primeiro pároco foi o Padre João Machado Evangelho, da sua fundação até fevereiro de 1998.
Em 10 de abril de 1992, Rio das Ostras tornou-se cidade emancipando-se de Casimiro de Abreu-RJ. Começou aí um período de grande desenvolvimento da nova cidade e da paróquia.
No dia 1º de março de 1998, tomou posse o Padre José Dílson Dória. Durante seu período, foi criada a paróquia de São Benedito em Jardim Mariléia, segunda paróquia da cidade totalmente desmembrada da Paróquia de Nossa Senhora da Conceição.
Em janeiro de 2002, assumia a paróquia o Padre Sidnei Ribeiro Antunes, SV que permaneceu apenas até 31 de dezembro do mesmo ano.

Em janeiro de 2003 o Padre José Dílson Dória retorna para a paróquia, contudo, vem a falecer em 12/02/2005.
Aos 19 de fevereiro de 2005, o Padre Luiz Cláudio Azevedo de Mendonça assumiu a paróquia. Em março de 2006, é transferido.
E em 16 de março de 2006 o Padre Alexandre José de Albuquerque tornava-se o 5º pároco da Paróquia de Nossa Senhora da Conceição de Rio das Ostras.
Com o aumento constante da população riostrense, em março de 2015 a Comunidade São Vicente de Paulo em Cidade Beira-mar é desmembrada da Paróquia Nossa Senhora da Conceição tornando-se assim a terceira paróquia do munícípio.
Em março de 2016, Pe. Alexandre foi transferido para a Paróquia São Roque em Nova Friburgo.
09 de abril tomou posse como 6º pároco o Pe. Tonny Wanderson Frauches Reis, vindo da paróquia Nossa Senhora da Saúde, da cidade de Casimiro de Abreu.