No dia 1º de março de 1998, tomou posse o Pe. José Dílson Dória. Durante seu período, foi criada a Paróquia São Benedito em Jardim Mariléia, segunda paróquia da cidade totalmente desmembrada da Paróquia Nossa Senhora da Conceição. Em janeiro de 2002, assumiu a paróquia o Pe. Sidnei Ribeiro Antunes, SV que permaneceu apenas até 31 de dezembro do mesmo ano. Em janeiro de 2003 o Pe. José Dílson Dória retorna para a paróquia, contudo, vem a falecer em 12/02/2005. 

A Paróquia Nossa Senhora da Conceição de Rio das Ostras foi criada em 18 de fevereiro de 1979, desmembrada da Paróquia Sagrada Família de Barra de São João – RJ. O primeiro pároco foi o Pe. João Machado Evangelho, da sua fundação até fevereiro de 1998. Em 10 de abril de 1992, Rio das Ostras tornou-se cidade emancipando-se de Casimiro de Abreu-RJ. Começou aí um período de grande desenvolvimento da nova cidade e da paróquia. 

Aos 19 de fevereiro de 2005, o Pe. Luiz Cláudio Azevedo de Mendonça assumiu a paróquia. Em março de 2006, é transferido. Em 16 de março de 2006 o Pe. Alexandre José de Albuquerque tornou-se o 5º pároco da Paróquia de Nossa Senhora da Conceição de Rio das Ostras. Com o aumento constante da população riostrense, em março de 2015 a Comunidade São Vicente de Paulo em Cidade Beira-mar é desmembrada da Paróquia Nossa Senhora da Conceição tornando-se assim a terceira paróquia do município. Em março de 2016, Pe. Alexandre foi transferido para a Paróquia São Roque em Nova Friburgo e no dia 09 de abril tomou posse como o pároco o Pe. Tonny Wanderson Frauches Reis, vindo da paróquia Nossa Senhora da Saúde, da cidade de Casimiro de Abreu. 

Em 13 de abril de 2021, o bispo diocesano aceitou o pedido de renúncia do Pe. Tonny e nomeou como novo pároco o Pe. João Machado Evangelista, que retorna à paróquia depois de ser seu primeiro pastor por 19 anos e por um período como vigário do Pe. Alexandre Albuquerque. Pe. João tomou posse em 07 de maio de 2021. Após um tempo de internação causada por complicações da COVID-19, fez sua páscoa definitiva no dia 23 de outubro de 2021. No dia 17 de novembro de 2021 D. Luiz nomeou o novo pároco, Pe. Marcelo Campos, que tomou posse no dia 07 de dezembro de 2021. Atualmente a Paróquia Nossa Senhora da Conceição é uma rede de nove comunidades e mais de vinte pastorais e movimentos eclesiais.